2024 წლიდან ახალგაზრდობის სააგენტო, კულტურის სამინისტროს ნაცვლად, გახდება განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროს შემადგენელი ნაწილი. გადაწყვეტილება 13 ნოემბერს მთავრობის სხდომაზე იქნა მიღებული. განათლების მინისტრის განცხადებით, ცვლილება აისახება სამინისტროების სახელებშიც - განათლების და მეცნიერების სამინისტრო მომავალი წლიდან გახდება "განათლების, მეცნიერებისა და ახალგაზრდობის სამინისტრო."
ამილახვარმა მთავრობის გადაწყვეტილება ახალგაზრდობის სააგენტოს შესახებ ასე ახსნა:
„ვინაიდან განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროში ჩვენ, ჩვენი პროგრამების ფარგლებში - დაწყებული სკოლით, პროფესიული განათლებითა და უმაღლესი განათლებით - ისედაც გვაქვს კომპონენტები, რომელიც, რა თქმა უნდა, გარდა განათლებისა, სხვადასხვა აქტივობებს მოიცავს. ზოგადად, განათლებისა და ახალგაზრდობის პოლიტიკას ისედაც მოვიცავთ ჩვენს პროგრამებსა და სამინისტროში, ამიტომ მიზანშეწონილად მიგვაჩნია, რომ ახალგაზრდობის პოლიტიკის და განათლების სიახლოვის შედეგად, ამ სააგენტოს მოქმედება გაგრძელდეს განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროში. შედეგად, კანონპროექტთა ნუსხა წარედგინება პარლამენტს და შემდეგი წლიდან ჩამოყალიბდება ახალი სამინისტრო - განათლების, მეცნიერებისა და ახალგაზრდობის სამინისტრო, რომელსაც დაემატება ახალგაზრდობის სააგენტო.“
ახალგაზრდობის სააგენტო 2019 წლის აგვისტოში შეიქმნა პრემიერ-მინისტრ მამუკა ბახტაძის გადაწყვეტილებით, "გავრილოვის ღამის" შემდეგ. ამ დროს კულტურის და განათლების სამინისტროები გაერთიანებული იყო და ახალგაზრდობის სამინისტრო განათლების, მეცნიერების, კულტურისა და სპორტის სამინისტროს დაქვემდებარებულ სააგენტოდ შეიქმნა. მისი პირველი ხელმძღვანელი იყო პრემიერ-მინისტრის მრჩეველი ახალგაზრდობის საკითხებში რეზო ჩარკვიანი. კულტურის სამინისტრო განათლების სამინისტროს 2021 წლის მარტში გამოეყო - ამ დროიდან ახალგაზრდობის სააგენტო კულტურის სამინისტროს შემადგენლობაში გადავიდა.
ასევე ნახეთ ახალგაზრდობის სააგენტო საქმიანობის ფეისბუკზე რეკლამირებაში 4,8 ათას დოლარს დახარჯავსკულტურის მინისტრად ახალდანიშნული თეა წულუკიანი 2021 წლის დეკემბერში პარლამენტში სიტყვით გამოსვლისას ახალგაზრდობის სააგენტოს აკრიტიკებდა და ამბობდა, რომ ის 4 მილიონი ლარი, რომელსაც სააგენტო ბიუჯეტიდან იღებს, არაეფექტურად იხარჯება. წულუკიანის გეგმის მიხედვით, სააგენტოს "როლის სერიოზულად გადააზრება" 2022 წლის ბოლომდე უნდა მომხდარიყო.
„ჩვენ პრემიერ-მინისტრის დაქვემდებარებიდან გადმოგვეცა ახალგაზრდობის სააგენტო, რომლის როლიც საჭიროებს სერიოზულ გადააზრებას და ეს პროცესი დაიწყება მიმდინარე წლის ბოლომდე, რათა არ ისმოდეს მუდმივად წუხილი იმის შესახებ, რომ ეს სააგენტო ახალგაზრდობის ერთ კონკრეტულ ჯგუფს ემსახურება, მისთვის გადაცემული ოთხ მილიონ ლარზე მეტს და დონორების გრანტებს – არაერთ მილიონ ლარს - ხარჯავს არცთუ ისე შედეგიანად, რადგან თქვენ ბევრ ახალგაზრდას ნახავთ საქართველოში, რომელმაც საერთოდ არც კი იცის, რომ ასეთი სააგენტო არსებობს. აქვე აღვნიშნავ, რომ აღარ მოვისმინოთ საუბარი იმაზე, რომ საზაფხულო ბანაკები მიტოვებულია. მე გახლდით ამ ბანაკებში და რეალურად, თუ არა ის ხალხი, ვინც დარაჯობს ამ ბანაკებს, იქ სიცოცხლის ნიშანწყალს ვერ ნახავთ“, – ამბობდა თეა წულუკიანი 2021 წლის 3 დეკემბერს.